하드웨어가 같고 메인보드만 바꾸었을때 특별한 경우가 아니면 성능은 똑같으니
메인보드는 어느게 더 고급형이냐라고 보는게 맞아요.

저가형 라인은 다 거기서 거기이고 보드도 다 이름 붙이기 나름이니 매번 조금씩 바뀌어요. 중~고가형 + 최신 칩셋 + 표준 ATX + 4대 메이커 보드 기준으로 알려드릴게요.

ASUS 는 P 라는 고유 네이밍 뒤에 칩셋의 출시순서와 이름을 붙이는 경우가 대부분
ex)ASUS P8P67 PRO

LE, 아무런 이름 없음 , PRO, DELUXE, SABERTOOTH, REVOLUTION
MAXIMUS EXTREME 순으로 고급 
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ASrock 은 회사 뒤에 칩셋 이름 붙인 뒤 왼쪽부터 고급인 순서대로 네이밍
ex) ASrock P67 Extreme4
Pro, Pro3, Extreme3, Extreme4, Extreme6, Professional, Extreme7
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GIGABYTE 는 리비전이 너무나 잦음
GA-칩셋이름(알파벳:리비전 순서)- 왼쪽부터 고급인 순서대로 네이밍
ex) GA-P67X-UD3R
DS3, UD3, UD3H, UD3R, UD3P, UD4, UD5, UD7
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박지영님께서 말씀하셨듯 저가형과 고급형의 컴퓨터 빠르기간에 차이는 없습니다.
다만 고급형일수록 그래픽카드를 2개 이상 꼽을 수 있느냐, 램 슬롯 갯수의 차이, 전원부가 얼마나 더 좋나(오버클럭 및 안정성과 관련됨) 등에 있어 장점을 보입니다. 일반적인 경우는 저가형 보드로도 충분하지만 오버클럭을 염두에 두거나 안정성에 좀 더 신경을 쓰신다면 고급이 좋습니다.

사실 보드 비싼걸로 치면 50만원 넘어가는 것도 많습니다만 이건 2CPU 지원이라던지 보통 서버용에서 사용하는 관계로 PC에서는 사실 별 필요 없습니다.