그는 외계의 침략자들에 맞서 용감하게 싸워 많은 목숨을 구했지만, 백워터 기지에서 연합 소유의 기물을 파괴했다는 명목으로 연합군에 체포되었다. 그 후 아크튜러스 멩스크가 이끄는 반 연합 혁명 단체인 코랄의 후예에게 풀려난 레이너는 그들의 편에서 싸울 것을 결심한다.

권력을 향한 멩스크의 갈망과 양심을 저버린 행동 때문에 레이너에게도 곤란한 상황이 닥치기 시작했다. 결국, 멩스크가 휘하에 있던 부관인 사라 케리건을 배신하고 저그를 조종해 연합이 점령한 행성들을 무자비하게 파괴하는 모습을 본 레이너는 멩스크 역시 자신이 끌어내리려 했던 압제자들과 별반 다를 바 없다는 사실을 깨달았다. 레이너는 코랄의 후예 내에서 반란을 주도하여 멩스크의 개인 기함인 히페리온호와 소규모 선단을 강탈했다. 저그 행성인 차에서 케리건을 구출하려다 프로토스와 마주친 레이너는, 용맹한 집행관 태사다르의 신임을 얻었다. 레이너는 솔직하고도 꿋꿋한 태도로 태사다르와 암흑 기사인 제라툴이 서로 협력하도록 도와주었다.

레이너와 그의 부대는 몇 번의 전투에서 계속 프로토스와 함께 싸웠고 뒤이은 지구 집정 연합의 습격에 맞서는 데 중요한 역할을 했다. 운명의 장난으로 레이너는 아크튜러스 멩스크, 그리고 저그의 초월체가 사라 케리건을 변모시켜 만든 존재인 칼날 여왕과 일시적으로 손을 잡았다. 두 폭군은 공동의 적을 두고 싸웠지만, 실낱 같은 연대가 무너지는 것은 시간문제일 뿐이었다. 결국 과거 동지에게서 먼저 등을 돌리고 일격을 날린 건 케리건이었고, 그녀의 배반으로 짐 레이너의 많은 동료가 목숨을 잃었다.

대학살에서 탈출한 레이너는 언젠가 반드시 복수하겠다고 다짐했다. 하지만 레이너가 총력을 기울이더라도 저그 군단의 막강한 힘이나 강력한 사이오닉 능력을 지닌 칼날 여왕에 맞서 복수를 한다는 건 거의 가망이 없어 보였다. 결국 레이너는 지치고 환멸을 느낀 채 테란 구역으로 돌아와 아크튜러스 멩스크의 강력한 테란 자치령 권력에 대항하는 저항 운동을 이끌었다. 지난 몇 년 동안 저항 운동은 순탄치 않았다. 아크튜러스 멩스크는 가장 뛰어난 무기인, 강연, 대중 매체 등을 이용한 선동 전략으로 레이너의 노력을 사회적으로 대중의 관심에서 벗어나도록 했다.

레이너 특공대는 강력한 테란 자치령에 항거하는 공공의 적 제 1호로 남았다. 멩스크는 레이너의 존재를 자신의 권위에 대한 도전으로 여겼다. 그러면서도 멩스크는 레이너를 암살하면 순교자로 추앙받을 가능성을 우려하여, 레이너와 그의 추종자들이 힘을 기르거나 휴식을 취하지 못하도록 끈질기게 추적하면서 괴롭히는 방법을 선택했다.

막대한 병력을 가진 자치령과 수년 동안 전투를 벌이면서 레이너의 부대는 이전 모습을 찾아볼 수 없을 정도로 규모가 작아졌다. 레이너는 단기간 동안 부대를 재정비하고 재무장할 자금을 마련하기 위해 가끔 용병 일을 해야 했다. 조직을 계속 꾸려가려면 앞으로도 계속 용병 일을 해야 할 것이다. 자유는 거저 얻어지지 않는다.

요즘 레이너는 신념을 잃은 것처럼 보인다. 과음이 잦아지고 저그에게 케리건을 빼앗긴 책임을 자기에게 돌리고 있다. 아크튜러스 멩스크를 향한 증오는 한으로 맺혔다. 레이너에 대한 우려가 동료들 퍼져가는 가운데에도, 맷은 아직 레이너와 혁명에 대한 믿음을 버리지 않고 있다. 호너는 수년 동안 상황을 잘 유지하는 데 큰 기여를 했으며, 레이너의 영웅적인 면모가 다시 살아나 언젠가는 혁명군을 승리로 이끌 것임을 굳게 믿고 있다.