2005년. 사무엘은 1600만 유로에 4년 계약으로 인터 밀란으로 팀을 옮기게 되어 이탈리아 무대로 복귀하게 되었다.

입단 이후 칼치오폴리로 인해 유벤투스 FC가 강등되는 등 라이벌 팀들의 불안정한 상황과 맞물려

인터 밀란이 세리에 A의 최강팀으로 급부상하면서 연속으로 리그 우승을 차지하게 되었으며,

2007-08 시즌 AC 밀란과의 더비 경기에서 카카를 수비하던 도중 무릎 부상을 당해[2] 

수술을 받은 뒤 다음 시즌이 되어서야 복귀하는 등 불운을 겪기도 했다. 

이후에도 계속적으로 무릎 부상이 발생해 정상적인 시즌을 보낸 적이 거의 없었으나,

2009-10 시즌에는 마이콘, 루시우, 크리스티안 키부와 철의 포백을 구축하여 팀의 트레블 달성에 크게 공헌했다. 

이후에는 무릎 부상으로 고생했으며, 2011-12 시즌에는 간만에 대부분 경기에 출전했음에도 불구하고

팀이 리그 6위와 UEFA 챔피언스 리그 16강이라는 좋지 않은 성적을 거두어 묻혔다(...).

이후에는 팀의 로테이션 정책에 따라 주로 후보로 활약하였다.

[2] 카카의 연속적인 방향 전환을 따라가려다 무릎이 돌아가버렸다.

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부상 당하면 무리해서 수비 하려 하지말고 걍 누워 잇으라고 교육 하는게 좋을 듯

무리하다가 부상 심해질 가능성 잇으니