제1연평해전 이후 김대중 대통령은 선제공격을 하지 말라는 교전 수칙을 지시했다.^[19][20] 이후 제2연평해전 국군 피해가 컸던 것은 교전 지침 때문이라는 증언이 있었다.^[21]

당시 김대중 대통령은 북한의 무력 도발로 제2연평해전이 발발하여 국군 6명이 전사하였음에도 국가안전보장회의를 4시간 35분만에 여는 등의 늦장 대응을 했다.^[22] 군통수권자인 김대중 대통령의 주재로 열린 국가안전보장회의(NSC)는 우발적 충돌로 결론지었고, 같은 내용의 북한 통지문이 오자 그대로 수용했다. 김대중 대통령은 교전 다음날 예정된 금강산 관광선을 출항시켰다.^[23] 제2연평해전 발발 다음날인 30일 김대중 대통령은 월드컵 결승전이 열리는 일본 사이타마로 출국하여 결승전 경기를 관람했다. 교전 이틀 후 국군수도병원에서 해군장으로 거행된 합동영결식이 열렸을 때조차 김대중 대통령은 참석하지 않았으며 국무총리, 국방부 장관, 합참의장 등 내각과 군의 핵심 인사들마저 참석하지 않았다.^[24] 국방부는 군 장례식은 장례위원장 이하만 참석하는것이 관례라고 해명하였지만^[25]해군장이었던 천안함 침몰 사건 희생자의 영결식에 이명박 대통령과 김태영 국방장관은 참석했다. 이후 제2연평해전 전사자 추모식에도 김대중 대통령은 참석하지 않았고^[26][27] 이명박은 2012년 추모식에 참석하였다. 이러한 까닭에 유가족과 생존자들은 제2연평해전을 ‘잊혀진 전쟁’으로 부르며 당시 김대중 정권의 처우에 분노하고 있다. 고(故) 박동혁 병장의 아버지 박남준 씨는 “부상당한 아들의 면회를 기다리며 TV를 보니 대통령이 일본에서 박수를 치고 있었다”며 “(출국한) 성남 비행장에서 국군수도병원까지 몇 분도 걸리지 않는데…”라고 말했다. 윤영하 소령의 아버지 윤두호 씨는 “서해에서 전투가 벌어진 이후에 대통령이 출국한 것은 지금도 이해가 되지 않는다.”며 “전쟁이 나면 대통령은 밖에 있다가도 들어와야 합니다. 그게 정상적인 국가예요.”라고 김대중 대통령을 비판하였다.^[28]